M. Eltsine, qui souffrait de problèmes cardiaques, a été le premier président de la Fédération de Russie après la fin de l'URSS (1991-1999), avant Vladimir Poutine, qu'il avait désigné comme son dauphin. Il a été l'homme de la transition. De 1985 à 1987, il a dirigé la section du parti de Moscou. Il a été démis de ses fonctions pour avoir reproché à Mikhaïl Gorbatchev la lenteur de ses réformes.
En mars 1989, il a été élu au Congrès des députés du peuple de l'Union soviétique. En mai 1990, il a été nommé président du Soviet suprême de la République socialiste fédérative soviétique (RSFS) de Russie. En juin 1990, il a déclaré la souveraineté de la RSFS de Russie et démissionné du Parti communiste.
Lors de l'élection présidentielle russe de juin 1991, il a été élu avec 57 % des voix. Pendant le putsch de Moscou dirigé contre Gorbatchev par la ligne dure du Parti communiste, le 19 août 1991, Eltsine s’est précipité au Parlement russe. Les forces armées présentes se sont rangent à ses côtés. Eltsine, debout sur un char, a tenu un discours mémorable qui joua un rôle important dans l'échec du putsch. Lorsque l'URSS a cessé officiellement d'exister le 25 décembre 1991, Eltsine s’est retrouvé de fait à la tête du puissant nouvel État de Russie. Accusé d'alcoolisme et atteint d'une maladie du cœur, il a été victime de plusieurs attaques cardiaques en 1995 et 1996. Fin 1996, il a même subi un quintuple pontage coronarien.
L’histoire retiendra également que c’est sous sa présidence que commença, en 1994, la guerre de Tchétchénie. Réélu le 3 juillet 1996, il a été discrédité par la crise financière de l'été 1998. Le 31 décembre 1999, il démissionna brusquement avant la fin de son mandat, à la surprise générale, officiellement pour raisons de santé.