Chávez se dirigió a Benedicto XVI a quien le exigió que pidiera disculpas a los pueblos indígenas por haber negado que la evangelización en América latina fue impuesta por la fuerza. El Predidente venezolano fue aún más lejos y sostuvo que la conquista y la cristianización de la región dieron origen a un verdadero "holocausto". "Aquí hubo algo mucho más grave que el holocausto de la Segunda Guerra Mundial. Nadie puede negarnos esa verdad. Su Santidad el Papa no puede venir a negar el holocausto aborigen. Así como la Iglesia ha reconocido errores, yo sólo ruego a Su Santidad que ofrezca una disculpa a los pueblos de nuestra América, creo que es lo correcto", dijo Chávez en un acto transmitido en cadena de radio y televisión.
"Está terriblemente equivocado Su Santidad, ¿cómo va a decir (que no hubo ningún tipo de imposición), aquí en esta tierra, donde todavía deben estar calientes los huesos de los mártires indígenas que fueron masacrados por el imperio de los imperios europeos?", dijo Chávez, que recordó la llegada europea al continente "con las carabelas y los barcos, los arcabuses, y los vinieron a evangelizar (a los indios)".
En su discurso, el presidente venezolano hizo referencia a los dichos del Pontífice, quien hace una semana, desde Brasil, el país con más católicos del mundo, sostuvo que la evangelización de América latina "no supuso en ningún momento una alienación de las culturas precolombinas ni fue una imposición de una cultura extraña". Estas palabras de Benedicto XVI contrastaron con las pronunciadas por su predecesor, Juan Pablo II, quien en ocasión del quinto centenario del descubrimiento de América había expresado su dolor por los agravios y los excesos cometidos contra las poblaciones indígenas.
Las palabras de Benedicto XVI, que abrieron un nuevo capítulo en los cruces entre Caracas y el Vaticano, también provocaron una fuerte reacción del Presidente boliviano Evo Morales, que es principal aliado de Chávez en la región. En el diario boliviano La Razón, Morales sugirió a la Iglesia Católica que debía decidir entre hacer su trabajo eclesiástico o hacer política. Consultado sobre las declaraciones del Papa acerca del "autoritarismo" en América latina, Morales respondió que su gobierno es incluyente y participativo, y como ejemplo señaló que "se ha garantizado la participación de las mujeres en la Asamblea Constituyente y la inclusión de mujeres en el gabinete como nunca en la historia de las gestiones presidenciales".