Cette conférence s’est attirée de vives critiques de la communauté internationale et de l’ONU. Ainsi, dans un communiqué publié le 12 décembre à Paris, le directeur de l'UNESCO, Koïchiro Matsuura, a déclaré que «Toute tentative pour remettre en question ou nier la réalité de l'Holocauste ou de tout autre crime contre l'humanité est à déplorer profondément», ajoutant que «Face aux tentatives de réécriture de l'histoire auxquelles nous assistons, je ne peux que rappeler de la façon la plus vigoureuse que nous avons un impératif moral d'analyser et de transmettre, sans falsification, sans altérations ni oubli, le passé. L'UNESCO a un rôle majeur à jouer dans ce travail de transmission, qui s'adresse tout particulièrement aux jeunes générations».
Le 14 décembre, aussitôt après avoir prêté serment pour succéder au Ghanéen Kofi Annan, le futur Secrétaire général des Nations Unies, le Sud-Coréen Ban Ki-moon, a également déclaré lors d’une conférence de presse que la négation de l'Holocauste pas davantage que la destruction d’un État n'est pas acceptable, faisant une allusion manifeste à des déclarations du président iranien Mahmoud Ahmadinejad selon lesquelles Israël doit être «rayé de la carte» et «va bientôt disparaître».
Plusieurs intellectuels iraniens ont également condamné la conférence sur l’Holocauste. «Que nous apporte la négation de l'Holocauste ? Est-ce qu'une telle négation rend encore plus illégitime les crimes d'Israël contre les Palestiniens ? Est-ce qu'une telle négation (...) ne profite pas seulement à Hitler et aux nazis ?», a demandé l'intellectuel réformateur Abbas Abdi, dans un article publié le 14 décembre par le quotidien Etemad Melli. «Même en tant que Palestinien, il n'y a rien de mieux à faire, face aux crimes d'Israël, que de condamner l'Holocauste et participer à toute cérémonie le commémorant», a ajouté Abbas Abdi. Pour sa part, s’exprimant dans le même quotidien, Sadegh Zibakalam, un intellectuel modéré et professeur de sciences politiques, a jugé que la tenue de cet évènement était un «cadeau aux ennemis du pays», car il permet à beaucoup d'«assimiler l'Iran aux néo-nazis et racistes anti-juifs», dénonçant le coût élevé de la tenue de cette conférence pour l'Iran en terme d'image.