Dernier en date, et non des moindres, à s'élever contre les conclusions du Groupe d'étude sur l'Irak, le président irakien, Jalal Talabani, d’origine kurde. Le 10 décembre 2006, il a proclamé publiquement lors d’un entretien avec des journalistes que le rapport « n'est ni équitable ni juste et contient des articles très dangereux qui sapent la souveraineté de l'Irak et la Constitution ». Il a notamment fermement dénoncé l'appel lancé par Groupe d'étude sur l'Irak en faveur de l'adoption d'une loi de « débaasification », qui permettrait à des milliers de membres de l'ancien parti de Saddam Hussein d'occuper à nouveau des postes à responsabilité, mais également la menace d’un retrait de l’aide américaine en cas de progrès insuffisants, ce qui revient selon lui à traiter l’Irak comme une jeune colonie et non un État souverain.
Les réactions aux recommandations préconisées par le rapport Baker-Hamilton viennent souligner un peu plus encore les fractures politiques et confessionnelles du nouvel Irak. Les divergences sont essentiellement centrées sur certains des thèmes les plus sensibles dans l'Irak d'aujourd'hui : la réconciliation nationale, le partage des richesses pétrolières et le rôle des pays voisins dans les efforts en vue de sortir du chaos.
Elles interviennent également à l'heure où les doutes se multiplient quant à la capacité du gouvernement actuel, à majorité chiite, et de son chef, le Premier ministre Nouri al-Maliki, à remettre le pays sur le chemin de la stabilité. Et ce alors que Washington, qui officiellement le soutient, pense surtout à sa stratégie de sortie, qui laisserait à des forces de sécurité irakiennes tout juste émergentes le soin de juguler la spirale de la violence qui se déchaîne actuellement.