Según la publicación, en una operación militar en 2002, Montoya - quien era entonces jefe de la IV Brigada del Ejército - actuó conjuntamente con un grupo paramilitar para eliminar a rebeldes marxistas en la región de Medellín, operación en la que resultaron asesinadas cerca de 14 personas, sin contar las decenas de personas que desaparecieron según opositores del presidente Alvaro Uribe.
Montoya, graduado en 1977 como teniente, fue nombrado máxima autoridad del Ejército en febrero de 2006, pero desde la activación del “Plan Colombia” en 1999, este oficial ha ocupado cargos claves en la institución castrense.
El colaborador de TeleSUR en Colombia, Carlos Alonzo, reportó que ante esta acusación el despacho de la presidencia emitió un comunicado en rechazo a la declaración de la CIA. En el texto la presidencia indica que "el gobierno de Colombia pide a las agencias extranjeras de inteligencia, que cualquier acusación basada en pruebas contra miembros de las instituciones colombianas, sea presentada ante los organismos competentes de justicia y administración".
Los señalamientos contra el general colombiano se producen justo cuando el Congreso de Estados Unidos, con mayoría demócrata, evalúa los 700 millones de dólares anuales que el país aporta a Colombia. El general Montoya es hoy el comandante de uno de los tres ejércitos del mundo en los que Estados Unidos invierten mayor cantidad de recursos. Con 120 000 hombres y planes en marcha para incorporar 25 000 más en el 2007, el ejército colombiano es el más numeroso de Sudamérica.
Ante las acusaciones, el general Montoya manifestó "sentirse sorprendido" de que "un periódico de Estados Unidos se atreva, sin tener las pruebas correspondientes, a hacer semejante acusación". Montoya aseguró estar "totalmente tranquilo". Por su parte, la CIA no desmintió el reporte del Times, pero tampoco lo confirmó.
Durante su reciente visita de seis horas a Colombia, el presidente George W. Bush advirtió en rueda de prensa en Bogotá que su colega colombiano, Uribe, se había comprometido con él a que habrá justicia sin interferencias en todos los casos de nexos de servidores públicos con narcotraficantes y paramilitares.
El senador opositor colombiano Gustavo Petro declaró a El Nuevo Herald que se trata de "un tema de absoluta gravedad", y anunció que pedirá la inmediata apertura en Colombia de un proceso judicial sobre este caso, para que el asunto no quede exclusivamente en manos de la justicia estadounidense.